В 1541 г. ойратам удалось сформировать Среднюю конфедерацию, которую возглавили хошуты как наиболее сильный народ. Во второй половине того же XVI в. ойраты, страдавшие от нападений со стороны своих соседей - тюркских народов с запада и юга и восточных монголов с востока, стали продвигаться в сторону Южной Сибири. Они и прежде кочевали вдоль Черного Иртыша и севернее оз. Зайсан, но теперь стали выдвигаться ниже оз. Ямыш. Существующие в литературе мнения о маршрутах миграций ойратов нуждаются в уточнениях. Автор предлагает свое видение, основываясь на архивных материалах и монгольских источниках: хойты, вытесненные из Харахото тумэтским Алтан-ханом, пошли в сторону Алтайских гор. Следующими были торгуты, совместно с дербетами ушедшие вниз по Иртышу. Элеты, будущие джунгары, из Западной Монголии ушли к Енисею. Уже во втором десятилетии XVII в. ойраты кочевали по Оми, Камышлову, Тоболу и Ишиму, т. е. были по среднему течению Иртыша. В 1623 г. у Ямышева озера они нанесли поражение войскам хотогойтского Алтын-хана Шолой Убаши-хунтайджи, однако эта победа не исключила внутренней борьбы в правившем доме хошутов, что в результате привело их к ослаблению. Дальнейшая междоусобица вынудила торгутов уходить дальше на запад, и в начале 1630-х гг. они вышли к Волге. Миграции на столь дальние расстояния были возможны лишь при условии наличия эффективного управленческого аппарата, при сохранении традиций и идентичности.