В статье актуализируется необходимость разработки методологии оценки налоговых расходов и эффективности налоговых льгот для реализации задачи их учета и оптимизации. Разграничиваются базовая и нормативная структуры налогов. Предлагается алгоритм оценки налоговых расходов, а также способ оценки налоговых расходов по анализируемой льготе за период. Формулируются исходные требования к оценке эффективности налоговых льгот. Предлагается разграничивать четыре вида эффектов (фискальный, социальный, экономический, бюджетный) и соответствующие виды эффективности. Предлагаются способы расчетов этих видов эффективности. Аргументируется необходимость использовать в качестве интегрального показателя бюджетную эффективность налоговой льготы.