Структура управления Уфимским уездом начала XVII в. предполагала совпадение интересов царской администрации и глав башкирских родов. Однако в середине XVII в. калмыцкие лидеры предложили правительству Алексея Михайловича передать им башкирские земли на юге края в обмен на участие калмыков в войне против Крыма. В условиях войны с Польшей, российское правительство было вынуждено нарушить земельные права башкир. Это привело к восстанию 1662—1664 гг., открывшему длинную череду выступлений башкир XVII—XVIII вв.