В статье оценивается потенциал механизмов и институтов управления системной модернизацией регионов и территорий, обоснована потребность в программно-проектной модернизации федеративного устройства РФ. Предложены новые институты регионального развития: саморазвитие регионов и муниципалитетов на основе бюджетной децентрализации ресурсов, создание кластеров, формирование бизнес-территорий, освоение программно-проектного планирования и управления пространственным развитием.