Введение эффективного контракта в бюджетном секторе экономики Российской Федерации было обусловлено необходимостью обеспечить соответствие заработной платы и качества оказываемых услуг. Обзор существующих исследований академических контрактов и практик стимулирования публикационной активности в российских и зарубежных университетах показал, что ключевыми факторами научной активности преподавателей являются их внутренняя мотивация, наличие благоприятной академической среды, характер отношений в коллективе. В работе проведен анализ двух систем стимулирования публикационной активности в вузе: в рамках расчета рейтинга научной активности и системы эффективного контракта. Для анализа введения эффективного контракта в образовательных организациях исследователями используются преимущественно контент-анализ нормативно-правовых актов и социологические опросы. Авторы на основе данных по публикационной активности преподавателей института за шесть лет (три года до введения эффективного контракта и три года после) провели эконометрическое исследование влияния эффективного контракта на количество и качество публикаций. Для тестирования авторской гипотезы использовались модели с детерминированными индивидуальными эффектами, со случайными эффектами, а также метод наименьших квадратов и МНК с применением дамми-переменных. Предложена методика оценки влияния эффективного контракта на публикационную активность преподавателей. Сделан вывод, что на количество публикаций значимое положительное влияние оказали материальные факторы, а также участие в конференциях и повышение квалификации преподавателей. На качество публикаций значимо повлияли стимулирующая выплата и повышение квалификации. Введение эффективного контракта оказало воздействие только на общее количество публикаций.