C идеей музея как учреждения, занимающегося собиранием, изучением, хранением и экспонированием предметов, представляющих собой памятники естественной истории, материальной и духовной культуры, а также просветительской и популяризаторской деятельностью, то есть в общепринятом для стран Европы и Америки понимании, Япония познакомилась еще до реставрации Мэйдзи. Это произошло в так называемый период бакумацу, когда в Японию, все еще пребывавшую под гнетом военно-феодального правительства и закрытую для общения с иностранцами, но уже бурлящую в преддверии грядущих перемен во всех областях жизни, через закрытую голландскую факторию на острове Дэсима проникали так называемые “голландские науки” рангаку - достижения европейцев в области естественных и отчасти гуманитарных наук.